Laboratoř mikrobiologie byla vybudována v roce 2013 a je součástí certifikovaných GMO laboratoří I. třídy. Je vybavena ke studium ekologie mikroorganismů (bakterie, houby a rostliny) na úrovni mikrobiologických (izolace, identifikace, purifikace, kultivace), molekulárně genetických (práce s DNA) a optických metod (spektrometrie, různé typy mikroskopií). Zároveň zde probíhá testování antibakteriálních vlastností látek, praktická cvičení v rámci výuky předmětů vyučovaných na KBI a různé experimenty v rámci závěrečných prací a projektů.

Vybavení: autokláv, flow box, inkubátory s nastavitelnou teplotou pro kultivační pokusy, třepačka, centrifuga nízkootáčková - malá stolní (max 2ml) a velká (až 80ml), hlubokomrazící box, vortex, spektrometr, horizontální elektroforéza, UV transiluminátor, termocykler, vakuový koncentrátor, ultrazvukový sonikátor, přístroj na úpravu vody, sušárna, elektromagnetické míchačky, předvážky, analytické váhy, digestoř